Фамилия Илатовские — редкий пример, где за основу скорее всего взято название конкретной местности, а не имя или профессия. Родовое гнездо, судя по всему, — деревня Илатово. Таких деревень в России минимум две: одна в Устьянском районе Архангельской области, другая в Вологодской. Предок, получивший фамилию Илатовский, был выходцем оттуда, и фамилия ответила на вопрос «откуда?» — типичная модель для польской и западнорусской шляхты, но встречающаяся и у крестьян северных губерний.

С корнем топонима сложнее. Самая прямая версия — от личного имени или прозвища Илат, но его следы в древнерусских источниках не прослеживаются. Есть соблазн связать название с древнегреческими илотами — земледельцами-рабами в Спарте. Однако для глухих архангельских и вологодских деревень такая книжная параллель выглядит натяжкой, скорее это случайное созвучие.

Более правдоподобна вторая гипотеза, которую приводят исследователи: фамилия могла быть искусственной, семинарской. В её основе лежит церковный термин «илитон» — шелковое покрывало для антиминса на престоле. Семинаристам часто давали фамилии от церковных понятий, причём в произношении «илитон» легко переходило в «илатон», дав начало форме Илатовский. Эта версия объясняет и редкость фамилии, и её «книжное» звучание.

Суффикс -ск- указывает на принадлежность к месту или сословию. В сочетании с окончанием -ие (Илатовские) фамилия тяготеет к форме множественного числа, характерной для дворянских родов (например, Воронцовы-Дашковы). Но в данном случае это, скорее всего, позднее закрепление формы, когда фамилия стала передаваться по наследству как родовое имя всей семьи.