Фамилия Ильбаков — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Основной ареал фамилии — Башкортостан и прилегающие районы Оренбургской и Челябинской областей. Это сразу указывает на тюркское, скорее всего башкирское или татарское, происхождение. В русских фамилиях суффикс -ов стандартен для адаптации нерусских фамилий, поэтому морфология здесь не скрывает, а, наоборот, подтверждает иноязычную основу.

Корень «Ильбак» — это, по всей видимости, личное имя. В тюркской ономастике распространены двусоставные имена, где первая часть «Иль» (ил, иль) означает «родина», «страна», «народ», а вторая — «бак» (от бак, бек, бик) — «крепкий», «твердый», «господин». Таким образом, Ильбак — это «крепость народа» или «господин страны». Имя могло быть дано как пожелание силы и надежности для рода или общины. Встречается и более прозаичная версия: от арабского имени Ильбаки (с ударением на последний слог), что значит «остающийся», «вечный», но башкирский контекст делает версию с «иль» и «бак» более органичной.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Ильбаков в большинстве своем были крестьянами-башкирами или тептярями (сословие в Приуралье). Фамилия закрепилась в XIX веке при массовой фиксации населения, когда отчество Ильбакович превратилось в наследственную фамилию. В дореволюционных метриках и ревизских сказках она встречается в деревнях Уфимской губернии, особенно в Белебеевском и Стерлитамакском уездах. Интересно, что в некоторых записях XVIII века встречается форма «Ильбеков» — с гласной «е» во втором слоге, что подтверждает связь с титулом «бек» и указывает на возможное более высокое происхождение отдельной ветви рода, хотя к XIX веку сословные различия стерлись.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются вывести из русского имени Илья (Ильба — Илья + уменьшительный суффикс), но это маловероятно: в регионах бытования фамилии Илья как имя встречается реже, чем местные тюркские имена, и суффикс -бак не характерен для русской антропонимии. Так что версия с тюркским именем-пожеланием остается основной.