Крестильное мужское имя Илья является видоизмененной формой библейского имени Элияху. Последнее переводится с древнееврейского как «мой Бог – Господь», то есть «мой Бог – Бог истинный». Скорее всего, основатель рода Ильенковых был выходцем из высшего сословия. Со временем, вероятно, род Ильенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ова(-ов).