Фамилия Ильгинес — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она не исконно русская, а образована от тюркского или кавказского имени, причём с необычным для русского уха окончанием. Чтобы разобраться, нужно отбросить привычную модель «Ильгин + ес» и посмотреть на корень целиком.

Основу фамилии составляет имя Ильгин (или Ильгинес). В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) есть имя Ильгиз (Ильгиз — «странник», «путешественник» или «владыка народа»), а также Ильгин — вариант, где суффикс -гин/-гын придаёт значение «принадлежащий» или «сделанный». Имя Ильгин могло означать «принадлежащий родине» или «народный». Форма Ильгинес может быть искусственной — либо это результат добавления русского патронимического суффикса -ес (аналог -ов, -ев, но в редких случаях встречается у фамилий, оформленных по образцу греческих или южнославянских), либо это диалектное искажение исходного Ильгин.

Вторая версия: фамилия могла возникнуть в среде горских евреев или народов Кавказа, где встречаются фамилии на -ес (например, Абрамес, Исаакес). Ильгинес тогда — это «сын Ильги» (Ильги — уменьшительное от Илья или тюркское имя). Но это предположение слабее, так как тюркское происхождение корня подтверждается географией: носители фамилии Ильгинес единично встречаются в Татарстане, Башкортостане и среди татарской диаспоры.

Суффикс -ес нехарактерен для русских фамилий (обычно -ов, -ин, -ский). Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Ильгинов или Ильгин. Значит, Ильгинес — либо позднее оформление (конец XIX — начало XX века, когда в метриках фиксировали фамилии на слух), либо заимствованная форма, где -ес — это окончание, передающее принадлежность (как в тюркском -лы/-ли в значении «имеющий»). В любом случае, предок носителя фамилии, скорее всего, носил личное имя Ильгин или прозвище, связанное с этим корнем, и жил в регионе с тюркским населением.

Социальный статус предков определить сложно: фамилия не дворянская, не купеческая, а скорее крестьянская или мещанская, записанная при переписях. Встречаемость фамилии крайне низкая — в современных базах данных её нет или она единична, что говорит о том, что род мог быть малочисленным или фамилия изменилась со временем.