Фамилия Илляхунов — редкий пример тюрко-персидского имени, перешедшего в русскую фамилию через суффикс -ов. Её основа — личное имя Илляхун, которое представляет собой диалектный вариант арабского имени Ильяс (библейский Илия). В тюркской среде, особенно среди татар и башкир, имя Ильяс часто приобретало форму Илляхун или Илляхужа под влиянием местного произношения, где звук «с» переходил в «х» или заменялся на «хун» (от персидского слова «хун» — кровь, но в именах часто использовалось как усилительная частица). Таким образом, Илляхун можно перевести как «крепкий, как Илья» или «истинный Илья».

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в русской среде, скорее всего, в XIX веке, когда татары и другие народы Поволжья получали фамилии при переписях или переходе в православие. Однако Илляхуновы могли остаться мусульманами — суффикс -ов использовался и для «инородческих» фамилий, если носители жили среди русских или в смешанных регионах. В отличие от типичных русских фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, модель на -ов здесь стандартна для адаптации тюркских имён.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и Оренбуржью. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: возможно, Илляхуновы — потомки одного рода из конкретного села или деревни. В архивных записях XIX века фамилию могли записывать иначе: Ильягунов, Иллехунов, так как чиновники на слух передавали тюркское произношение по-разному.

С точки зрения социальной истории, Илляхуновы, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, а купцы с редкими тюркскими фамилиями обычно оседали в крупных городах, где фамилия бы сохранилась в метриках. Здесь же мы видим именно деревенский тип образования: имя отца или деда (Илляхун) закрепилось как фамилия без дополнительных приставок.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Илляхунов стоит в одном ряду с Ильясовым (более частый вариант) и Ильяхуновым (с «я» вместо «лля»). Разница в написании — следствие диалектного растяжения гласных у татар мишарского диалекта. Так что носитель фамилии Илляхунов может смело связывать свои корни с Поволжьем и именем пророка Ильи, но в его тюркской, а не славянской огласовке.