Фамилия Иляхун — редкий случай, когда корень почти наверняка восточный, а суффикс — русский. Разберём по частям. Основа «Илях» восходит к арабскому имени Ильяс (Илия) через тюркское посредничество. В татарском, башкирском, казахском языках имя Ильяс или Илях — это библейский пророк Илия, почитаемый и в исламе. Форма «Илях» — один из тюркских вариантов этого имени, где конечный «с» отпал или перешёл в «х» под влиянием местных говоров.

Суффикс «-ун» — вот что придаёт фамилии необычное звучание. В русской ономастике суффикс «-ун» характерен для прозвищ, образованных от глаголов: «крикун», «говорун», «бегун». Но в фамилиях он встречается редко и чаще всего указывает на прозвище, данное за какое-то качество или привычку. Однако в случае с Иляхун логичнее предположить другое: суффикс мог прийти из тюркской модели образования имён или прозвищ. В ряде тюркских языков «-ун» — это аффикс, образующий имена существительные или прилагательные со значением признака. Например, от глагола «знать» — «билун» (знающий). То есть Иляхун могло означать «тот, кто связан с Иляхом», «сын Иляха» или «подобный Иляху».

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть как русское переосмысление тюркского отчества. Если отца звали Илях, то в русской среде его сына могли записать как «Иляхин» или «Иляхов», но в некоторых говорах, особенно на юге России и в Поволжье, фиксировались и нестандартные окончания. «Иляхун» — могло быть искажённой формой отчества, записанной на слух: «Илях-ун» как «Илях-ов».

География фамилии подсказывает, что её носители — скорее всего, потомки крещёных татар, башкир или представителей других тюркских народов, которые получили фамилию по имени предка при переходе в православие. В метрических книгах XIX века фамилия Иляхун встречается в документах Казанской и Уфимской губерний, а также среди оренбургских казаков — там, где русское население плотно контактировало с тюркским.

Таким образом, Иляхун — это отчество или прозвище, закрепившееся как фамилия, с корнем от библейско-исламского имени Ильяс (Илия) и редким суффиксом, который мог быть как тюркским, так и диалектным русским. Носитель такой фамилии, скорее всего, потомок человека по имени Илях, жившего в зоне русско-тюркского пограничья.