Фамилия Иляхунова — женская форма фамилии Иляхунов, и её разбор стоит начать с необычной основы. В русских фамилиях на -ов/-ев редко встречается корень, начинающийся с «иля-», что сразу наводит на мысль о тюркском или арабском влиянии. Скорее всего, в основе лежит имя Иляхун (или Иляхи) — вариант арабского имени Ильяс (библейский Илия), адаптированный в татарской или башкирской среде. Суффикс -ун в таких именах типичен для тюркских языков: он придаёт ласкательный или уменьшительный оттенок (сравните с именами Айтун, Гайнун). Таким образом, Иляхун — это «маленький Илья» или «Илья» в народном произношении.

Модель образования прозрачна: от имени Иляхун через притяжательное прилагательное (Иляхун → Иляхунов сын) появилась фамилия, закрепившаяся за потомками. Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, а также к Оренбургской и Челябинской областям. Встречается и среди русских, но реже — это следствие межэтнических браков или русификации тюркских фамилий в советское время.

Словообразовательный суффикс -ов здесь стандартный для русских фамилий, но сама основа выдаёт нерусское происхождение. Интересно, что фамилия могла возникнуть и от прозвища Иляхун — так могли назвать человека, часто поминавшего пророка Илью или носившего имя в бытовой форме. В ономастических трудах (например, у Б. Унбегауна) подобные фамилии относят к группе, образованной от канонических имён через тюркское посредничество.

Социальный контекст: носители фамилии в XIX веке чаще были крестьянами или мещанами из восточных губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, неэлитарное происхождение. Сегодня фамилия редкая, и её сохранение — пример того, как тюркские имена вписались в русскую фамильную систему, сохранив свою фонетику.