Фамилия Ильяхунова — женская форма, мужской вариант — Ильяхунов. В основе фамилии лежит имя Ильяхун, которое представляет собой сложное образование из двух частей. Первая часть — Илья, русская форма древнееврейского имени Илия (в переводе «мой Бог — Яхве»). Вторая часть — хун, тюркский компонент, который восходит к слову «хан» или «хун» — титул правителя, князя. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, этот элемент часто присоединяли к именам для придания уважительности или указания на знатное происхождение.

Таким образом, Ильяхун — это имя, буквально означающее «Илья-хан» или «князь Илья». Подобные двукоренные имена с тюркским титулом были распространены у народов Поволжья и Приуралья, особенно среди татар и башкир, которые на протяжении столетий жили в тесном контакте с русским населением. Встречаются и другие варианты с тем же корнем: Ильясов, Илькин, Ильмухаметов, но Ильяхунов стоит особняком из-за редкого сочетания славянского имени с тюркским титулом.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, что типично для фамилий, возникших в среде татарской и башкирской знати, принявшей православие или тесно связанной с русской администрацией. В XIX веке такие фамилии часто фиксировались у служилых татар, купцов или мулл. Скорее всего, предок носителя фамилии был человеком заметным — либо носил имя Ильяхун как дань уважения к христианскому святому и местной традиции, либо получил прозвище по положению в общине.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области, а также встречается у казахов, где форма «Ильяхунов» могла возникнуть при русификации фамилий в советское время. В дореволюционных переписях фамилия редкая, что указывает на её локальный характер. Сегодня носителей фамилии немного, и она сохраняет память о культурном перекрёстке, где русское имя и тюркский титул слились воедино.