Фамилия Ильминский — яркий пример того, как географическое название становится родовым именем. Её основа — гидроним Ильмень, знаменитое озеро в западной части Новгородской области. В него впадает около полусотни рек, включая Мсту, Полу, Ловать с Полистью и Шелонь, а вытекает только Волхов, несущий воды в Ладожское озеро. Эти места — арена былинных приключений Садко и часть легендарного «Пути из варяг в греки».

Сам топоним Ильмень старше славянского населения этих земель. Наиболее убедительная версия возводит его к финно-угорскому Ilmeri — «небо» или «воздушное пространство», «небесные силы». В эстонском языке, к примеру, «ильм» означает «погода». Есть и другие гипотезы. По «Сказанию о Словене и Русе», озеро назвали в честь княжны Илмеры, сестры легендарных скифских князей. Некоторые исследователи связывают название с племенем меря или выводят его из литовского Limen — «залив». Любопытно, что на карте Литвы Радзивилла 1613 года Каркинитский залив в Чёрном море подписан как «Ильмень Озеро» (Ilmen Lacus), и в пояснении сказано: «Каркинитский залив, который наши казаки предпочитают называть Ильмень озером». Это говорит о том, что слово «ильмень» могло стать нарицательным для обозначения мелководных заливов и лиманов.

Суффикс -ский в фамилии Ильминский указывает на типичную модель образования дворянских или духовных фамилий в XIX веке, а также фамилий выходцев из западных и юго-западных земель. Однако для Новгородчины, где находится само озеро, более характерны фамилии на -ов/-ев и -ин. Поэтому Ильминский — фамилия не крестьянская, а скорее всего, принадлежавшая человеку, который имел отношение к озеру не просто как житель, а как переселенец, получивший прозвище по месту прежнего жительства, либо как представитель духовенства, взявший фамилию при поступлении в семинарию.

Самый известный носитель фамилии — Николай Иванович Ильминский (1822–1891), выдающийся русский востоковед и миссионер. Его биография подтверждает семинарские корни фамилии: он окончил Казанскую духовную академию, где позже преподавал арабский и турецкий языки. Командированный в 1850 году в Петербург для проверки переводов богослужебных книг на татарский, он затем отправился в Дамаск, Константинополь и Каир, где в совершенстве овладел арабским, турецким и персидским языками. Ильминский известен созданием системы просвещения инородцев, основанной на обучении на родном языке с использованием кириллицы. Его деятельность оставила глубокий след в истории народов Поволжья и Сибири.