Фамилия Ильниукий — редкая и нестандартная по своему строению, что сразу бросается в глаза. В ней отчётливо читается основа «Иль-», восходящая к каноническому мужскому имени Илья (древнееврейское Элияху — «мой Бог Яхве»). Но дальше начинается самое интересное: суффиксальная часть «-нук-» или «-иук-» — это не типичная для русских фамилий модель. Такое окончание характерно для украинских и белорусских фамилий, где суффикс -ук/-юк указывает на принадлежность: «Ильиниук» — буквально «маленький Илья», «сын Ильи». Однако в написании «Ильниукий» вместо привычного «-юк» или «-ук» стоит «-укий», что сближает фамилию с польской или западноукраинской традицией, где фамилии на -укий (как Старукий, Бордукий) встречаются, хоть и не массово. По сути, перед нами либо сильно искажённая запись исходной фамилии (например, Ильниук, где при русификации добавили окончание -ий), либо редкая локальная форма, закрепившаяся в документах.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был сыном человека по имени Илья, но не в прямом смысле, а по прозвищу — Ильниук, то есть «Ильин сын» или «принадлежащий к роду Ильи». Такие прозвища в XVI–XVII веках давали в крестьянской и казачьей среде на территории современной Украины, Беларуси и юго-западных областей России (Брянщина, Смоленщина). Фамилия могла возникнуть в среде православных, но с польским влиянием в словообразовании — это характерно для пограничных регионов Речи Посполитой. Сословно это, скорее всего, крестьянская или казацкая фамилия, поскольку дворянские роды с таким окончанием почти не фиксируются.

Двойное «и» в середине (Ильниукий) может быть следствием ошибки писаря или местного произношения: в говорах имя Илья нередко звучало как Ильий, Ильён, отсюда и форма Ильниукий. В любом случае, фамилия однозначно отсылает к имени Илья, а её редкость и необычное окончание делают её ценным маркером для генеалогического поиска — она почти наверняка привязана к конкретному небольшому региону, где её и стоит искать в метрических книгах XIX века.