Фамилия Илюничевы — одна из тех, что образована от просторечной, «домашней» формы крестильного имени. Основа здесь — Илюна, производная от канонического имени Илья. Илья в переводе с древнееврейского означает «мой Бог — Господь», то есть «Бог истинный», и на Руси имя было одним из самых распространённых. От него пошли десятки уменьшительных и обиходных вариантов: Илюха, Илюша, Илюня, Илюта — и в том числе Илюна. Именно эта форма и легла в основу фамилии.

Словообразовательная модель проста: к основе Илюн- добавился суффикс -ичев. В русской ономастике суффикс -ичев (как и -евич) указывает на отчество: Илюничев буквально значит «сын Илюни». Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где патронимы на -ичев встречаются чаще, чем на юге. По сути, это полная форма отчества, которая со временем закрепилась как родовая.

Скорее всего, основатель рода Илюничевых был человеком из крестьянской или рабочей среды. В дворянской среде фамилии чаще образовывали от полных канонических форм (Ильин, Ильинский), а просторечные варианты вроде Илюна оставались в простонародье. Это не делает фамилию «проще» — наоборот, такие имена лучше сохраняют живую разговорную традицию, которую книжные формы вытесняли.

Точное время и место возникновения фамилии Илюничевы установить сложно. Фамилии на -ичев активно формировались в XVI–XVII веках, но процесс шёл неравномерно: где-то они закрепились раньше, где-то — только к XIX веку. Можно предположить, что род возник на территории бывшего Владимиро-Суздальского княжества или в новгородских землях — именно там патронимы на -ичев особенно характерны.

Редкость фамилии объясняется тем, что форма Илюна не стала такой же популярной, как Илюха или Илюша. Поэтому Илюничевы — не массовая, а довольно локальная фамилия. Если встретите однофамильца, велика вероятность, что у вас общие корни в пределах пары-тройки поколений.