Фамилия Илюнина ведет начало от имени Илюня — просторечной, домашней формы канонического имени Илья. В основе лежит древнееврейское значение «Яхве — мой Бог» или «Господь мой — Бог». Имя Илья пришло на Русь вместе с христианством и быстро стало одним из самых распространенных, что породило десятки уменьшительных и обиходных вариантов: Илюша, Илюха, Илюня. Именно последняя форма и легла в основу фамилии.

Словообразовательная модель здесь прозрачна. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Илюнин буквально значит «сын Илюни» или «человек из семьи Илюни». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В ономастическом словаре Б. Унбегауна этот тип назван «матронимическим» по форме, но по сути он просто фиксирует обиходное имя отца.

Скорее всего, основатель рода Илюниных был человеком из простого сословия. В крестьянской и посадской среде полные имена использовали реже, а вот уменьшительные — постоянно. Илюня — не официальное, а бытовое имя, которое давали в семье или в деревне. Когда в XVII–XIX веках у крестьян и мещан стали массово закрепляться фамилии, такие обиходные формы и превратились в родовые прозвания.

Интересная деталь: у фамилии Илюнин есть «двойники» — Илюшин, Илюхин, Илюшечкин. Все они образованы от разных производных одного корня. Но Илюнин встречается реже, чем Илюшин или Илюхин. Это может указывать на более узкую региональную привязку: в некоторых говорах форма Илюня была особенно употребительна. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия Илюнин встречается в центральных областях России, а также в Поволжье, но численно уступает «конкурентам» от того же Ильи.

Таким образом, фамилия Илюнина не содержит загадок — она прямо говорит о предке, которого в быту звали Илюня. Это не прозвище по ремеслу или внешности, а именно именная фамилия, каких в русском языке тысячи. И если ваш предок носил такую фамилию, он почти наверняка был крестьянином или мещанином, а его домашнее имя сохранилось на столетия.