Имя Илюня представляет собой производную форму имени Илья, которое с древнееврейского переводится как «господь мой – Бог». Скорее всего, основатель рода Илюниных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Илюня, со временем получил фамилию Илюнин.