Фамилия Илюнин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Илюнин послужило церковное имя Илья. Имя Илюня представляет собой производную форму имени Илья, которое с древнееврейского переводится как «господь мой – Бог». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Илюня, со временем получил фамилию Илюнин. О точном месте и времени возникновения фамилии Илюнин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Илюнин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.