Фамилия Инкабекова — с большой вероятностью тюркская, и её разумнее всего рассматривать через призму казахского, башкирского или татарского имяслова. В основе лежит мужское имя Инкабек, которое распадается на две части: «Инка» и «бек».

«Бек» (или «бий») — широко распространённый тюркский титул, означающий «господин», «князь», «предводитель». В составе фамилий и имён он указывал на знатное происхождение или на то, что носитель занимал высокое положение. Первая часть, «Инка», более загадочна. Вероятнее всего, это диалектный или уменьшительно-ласкательный вариант имени Инаят (араб. «милость», «благосклонность»). В тюркской среде арабские имена часто усекали и адаптировали на слух: Инаят → Инай → Инка. Таким образом, Инкабек — это «бек (господин) милости» или «милостивый господин». Менее правдоподобна версия, связывающая «Инка» с тюркским словом «ин» (нора, пещера) — прозвище по месту жительства или роду занятий, но имя-основа здесь выглядит убедительнее.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом притяжательности -ов, адаптированным к женскому роду окончанием -а. Для тюркских фамилий, вошедших в русский обиход, это стандартный способ русификации: к мужскому имени Инкабек добавили -ов, получив фамилию Инкабеков, а для женщины — Инкабекова. Это указывает на то, что предки носителей фамилии жили в Российской империи или СССР, где фамилии оформляли по русскому образцу.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием тюркских народов: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская область, Казахстан. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном распространении — возможно, фамилия пошла от одного конкретного рода или аула, где жил уважаемый человек по имени Инкабек. Сословно предки могли относиться к башкирским или казахским старшинам, биям или просто зажиточным крестьянам, чей статус закрепился в имени-титуле.