Фамилия Инюточкин образована от мирского имени Инюточка — уменьшительной формы крестильного имени Иннокентий (в просторечии Инокентий). Латинское innocentius значит «невинный». Редкость фамилии в том, что её основа — не стандартное «Иннокентьев» или «Кеша», а ласкательный вариант, который в быту давали ребёнку или взрослому, чтобы смягчить длинное церковное имя. Суффикс -очк- в имени Инюточка — типичный для русских уменьшительно-ласкательных форм (сравните: Ваня — Ванечка, Таня — Танечка). Фамилия образована по продуктивной модели: к основе Инюточк- прибавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Инюточкин, то есть потомок Инюточки.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где имя Иннокентий было распространено среди крестьян и духовенства. Встречаются варианты написания: Инюточкин, Енюточкин, Инютакин — но основной закрепился именно с буквой «и» в начале. В дореволюционных метрических книгах можно найти записи об Инюточкиных из Вологодской и Костромской губерний. Сословная принадлежность носителей — в основном крестьяне и мещане; фамилия не получила дворянского распространения.

Словообразовательный разбор прост: корень инут- (от Иннокентий через народное Инюта), уменьшительный суффикс -очк- и фамильный -ин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин в данном случае прямо указывает на личное имя отца, без посредничества прозвища или профессии. Это делает фамилию «прозрачной» для этимолога: она не скрывает ни ремесла, ни внешности предка — только его имя, которое со временем вышло из обихода.