Фамилия Ионча выделяется на фоне типичных русских фамилий своей структурой — она не заканчивается на -ов, -ин или -ский. Такое окончание характерно для молдавского и румынского языков, где фамилии на -я, -е, -а нередко образуются напрямую от личных имён или прозвищ.

В основе фамилии, скорее всего, лежит имя Ион — румынская и молдавская форма имени Иван (Иоанн). Суффикс -ча в восточнороманских языках выполняет уменьшительную или патронимическую функцию. То есть Ионча — это «маленький Ион» или «потомок Иона». Такая модель словообразования типична для Молдавии и исторических областей Бессарабии, Буковины, а также для румынских регионов Молдова и Мунтения. В России и на Украине фамилия встречается в основном в диаспорах, переселившихся из этих мест в XIX–XX веках.

Есть и другая, менее вероятная версия: что Ионча — это русифицированная запись украинской фамилии Йонча, которая могла возникнуть от прозвища Йонець (сравните с диалектным «йон» — он, тот). Однако географическая привязка к молдавскому ареалу и прозрачность румынской этимологии делают первую гипотезу основной.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам или известным историческим персонам — это фамилия крестьянского или мещанского происхождения. Её носители, вероятно, были земледельцами, ремесленниками или мелкими торговцами из Молдавского княжества или Бессарабской губернии. В метрических книгах XIX века подобные фамилии фиксировались как Ионча, Иончя, а иногда и Иончо — в зависимости от говора писаря.