Фамилия Ионченкова образована от мужского крестильного имени Иона, которое в переводе с древнееврейского означает «голубь» или «терпеливый». Однако прямой путь от канонического Ионы к фамилии не так прост: в основе лежит уменьшительная форма Ионча. Именно от неё через типичную восточнославянскую модель с суффиксом -енков/-енко и появилась фамилия Ионченков, а её женский вариант — Ионченкова.

Суффикс -енков характерен для фамилий, возникших на территории современных Украины, Беларуси и южных областей России. Он указывает на родство по отцу: Ионченков — буквально «сын Ионченка», где Ионченко, в свою очередь, «маленький Ионча». Такая цепочка — от полного имени к ласкательной форме, затем к отчеству и наконец к фамилии — типична для крестьянской и казачьей среды XVII–XVIII веков. В официальных документах женская форма Ионченкова закрепилась как указание на принадлежность к роду или на мужа.

Имя Иона в православных святцах связано с библейским пророком и несколькими святыми, поэтому оно было распространено в монашеской среде и среди простых людей. В народной речи имя нередко упрощалось: Ион, Ионя, Ионча. Последний вариант и дал основу фамилии. Спорных версий происхождения здесь немного: некоторые исследователи допускают связь с диалектным словом «ионка» (вид одежды) или с тюркскими корнями, но эти гипотезы слабы и не подтверждаются географией бытования фамилии.

Фамилия Ионченкова — редкая, её носители встречаются в основном в центральных и южных регионах России, а также в восточной части Украины. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия фиксировалась преимущественно у крестьян и мещан, что подтверждает её «бытовое» происхождение — от имени, а не от прозвища или профессии.