Фамилия Ионеси — один из тех случаев, когда русское ухо сразу слышит нерусское происхождение. Вопреки возможной догадке, она не имеет отношения к грузинской фамилии Ионесидзе или к древнегреческому имени Иона. Её корень лежит в румынском и молдавском языковом пространстве.

Основа фамилии — имя Ион, румынский аналог русского Иван и библейского Иоанн. Суффикс -еси указывает на принадлежность, происхождение. По модели образования это типичная молдавская фамилия, аналогичная русским на -ов: Ионеси буквально означает «сын Иона» или «принадлежащий Иону». В Молдавии и на исторических землях Бессарабии такие фамилии на -ески, -еску и -еси встречаются сплошь и рядом.

Исторически носители фамилии Ионеси — это, скорее всего, крестьяне или ремесленники из молдавских княжеств, которые в XIX–XX веках переселялись на юг Российской империи, в частности в Бессарабскую губернию и Новороссию. Фамилия могла закрепиться за целым родом, где прародителя звали Ион. В отличие от фамилий на -ов, которые в русской среде указывали на отчество, молдавский суффикс -еси сохранял ту же функцию, но в другой языковой форме.

Примечательно, что фамилия Ионеси встречается и у гагаузов — тюркоязычного народа, исторически живущего в Молдавии. Гагаузы часто заимствовали молдавские фамилии, поэтому у носителя Ионеси могут быть как молдавские, так и гагаузские корни. В современной России эта фамилия редкая и почти всегда указывает на предков из Молдавии, Украины или южных областей бывшей Российской империи.