Фамилия Ионесий — редкий случай, когда на первый план выходит не суффикс, а сама основа, которая звучит как латинизированная или книжная форма. Скорее всего, перед нами фамилия искусственного происхождения, образованная от имени Иона (древнееврейское Yonah — «голубь») по модели, характерной для духовного сословия. В семинарской среде в XVIII–XIX веках было принято «облагораживать» простые церковные имена, добавляя к ним окончания -ий, -ей или переделывая на латинский манер. Так Иона превращался в Ионеса, а затем в фамилию Ионесий.

Модель образования здесь нестандартная. Обычные русские фамилии на -ий (типа Троицкий, Рождественский) указывают на принадлежность к храму или празднику. Ионесий же — скорее притяжательная или идентифицирующая форма: «сын Ионеса» или «относящийся к Ионесу». Суффикс -ий в данном случае не типичен для крестьянских прозвищ, а характерен для книжной, часто духовной, среды. Это позволяет предположить, что носители фамилии могли быть выходцами из семей священнослужителей, где фамилию давали по имени отца или по имени святого, но в несколько искусственной, «учёной» огласовке.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных и телефонных справочниках Ионесий почти не фиксируется, что подтверждает её локальный или угасший характер. Возможно, фамилия была распространена в определённой местности (например, в западных губерниях Российской империи, где сильнее чувствовалось польское или украинское влияние на церковную ономастику) и со временем либо исчезла, либо трансформировалась в более привычные формы — Ионов, Ионин, Ионесов.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительный контекст. Ионов — самая распространённая русская фамилия от того же имени, она возникла естественным путём: «чей? — Ионов». Ионин — вариант с другим суффиксом, тоже частый. Ионесий же стоит особняком: он не вписывается в народную словообразовательную модель и явно несёт на себе печать канцелярской или семинарской записи. Это делает фамилию не просто редкой, но и показательной для истории русского фамильного творчества, где даже одно и то же имя могло дать десяток разных фамилий в зависимости от среды и эпохи.