Фамилия Ионцев произошла от имени, а точнее — от его обиходной, народной формы. В основе лежит мужское каноническое имя Иона, которое пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка и означает «голубь» или «терпеливый». Но фамилия образована не напрямую от полного церковного имени, а от его разговорного варианта — Ионец. Такая модель словообразования (основа на -ец + типичный русский суффикс -ев) встречается нечасто и указывает на то, что предка в быту звали не громким библейским Ионой, а уменьшительно-ласкательно — Ионец, то есть «маленький Иона». Со временем это прозвание закрепилось за его потомками, и они стали Ионцевыми.

Если присмотреться к суффиксу, фамилия Ионцев стоит в ряду таких же патронимических образований, как, например, Кузнецов (от Кузнец) или Певцов (от Певец). Однако в случае с Ионцевым основа — не профессия, а личное имя. Фамилия, скорее всего, возникла в среде крестьян или посадских людей, где церковные имена часто переделывали на свой лад, добавляя простые и понятные окончания.

Среди однокоренных фамилий — Ионов, Ионин, Ионкин. Но различие в суффиксах говорит о разной географии бытования: если Ионовы распространены шире, то Ионцевы — более локальная, «гнездовая» фамилия. Встретить её чаще можно в центральных и северных областях России, где приживалась именно форма Ионец. Споров о происхождении корня нет: имя Иона хорошо известно по библейской истории о пророке, которого проглотил кит, так что значение «терпеливый» здесь не случайно — оно отражает сюжет о трёх днях во чреве кита.