Фамилия Ионцева — один из вариантов отчества, образованного от крестильного имени Иона. В переводе с древнееврейского оно означает «голубь». Именно это значение считается основным, хотя в некоторых источниках встречается и вариант «терпеливый». В основе фамилии лежит не само имя, а его разговорная, народная форма — Ионец. Суффикс -ец в данном случае указывает на принадлежность: Ионец — это сын или потомок Ионы. Именно от формы Ионец с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ов и возникла фамилия Ионцев, а её женский вариант — Ионцева.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с именем Иоанн (в переводе — «милость Божия»). Однако в ономастике более надёжным считается прямое обращение к имени Иона, поскольку оно имеет собственные уменьшительные формы, не смешивающиеся с производными от Иоанна. Имя Иона вошло в православный именник благодаря библейскому пророку, которого, согласно Ветхому Завету, проглотил кит. Память пророка Ионы отмечается 5 октября по новому стилю.

Судя по модели образования (суффикс -ов, а не -ин или -ский), фамилия Ионцева формировалась в среде, где отчество было основным способом именования, — скорее всего, среди крестьян или посадских людей. Дворянские фамилии такого типа в России почти не встречаются. Таким образом, основатель рода Ионцевых, по всей видимости, был человеком из рабочей или крестьянской среды, а его отца или деда в быту звали Ионец — то есть попросту Иона.