Фамилия Ипантьев — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а искажённое церковное слово. Корень здесь — «ипат» или «ипант», что восходит к греческому «ипатос» (высочайший, верховный). В церковной традиции так называли настоятеля крупного монастыря (игумена) или епископа, а в Византийской империи — высшего сановника. Однако в русском быту это книжное слово прижилось не как титул, а как прозвище: Ипантом или Ипатом могли окрестить человека важного, степенного или, напротив, с иронией — того, кто «корчит из себя начальника».

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище Ипант (или Ипат) плюс суффикс -ев, указывающий на принадлежность — «сын Ипанта». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Ипа́нтьев. Важная деталь: в старых документах фамилия могла писаться через «о» — Ипонтьев, поскольку в народном произношении «а» после мягкого «п» часто переходило в «о» (явление «яканья» наоборот). Это же искажение породило и вариант Ипатов — гораздо более распространённую фамилию, тогда как Ипантьев остался локальным и малочисленным.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, особенно к бывшим новгородским и вятским землям, где сохранялись архаичные говоры. Там же встречаются однокоренные фамилии: Ипатов, Ипатьев, Ипантьев. Разница между ними — в суффиксе: -ов и -ев — одно и то же, а -тьев указывает на более мягкую основу (Ипантий, а не Ипант). Встречается и форма Ипатьев, известная по Ипатьевскому монастырю в Костроме, но там корень другой — от имени Ипатий.

Сословно фамилия Ипантьев не элитарна. Её носители — в основном крестьяне и мещане. В XIX веке она фиксируется в метрических книгах Вятской, Костромской и Пермской губерний. Встречается и у старообрядцев, которые нередко сохраняли редкие имена и прозвища, вытесненные из официального обихода. Таким образом, Ипантьев — не от князя и не от святого, а от живого прозвища, которое могло дать либо уважение, либо насмешку, но закрепилось за родом на века.