Фамилия Ипашев образована по типичной для русского Севера и Поволжья модели: основа на твердый согласный плюс суффикс -ев. Второй по частотности патронимический суффикс (после -ов) указывает на то, что предка звали Ипаш. Это разговорная, обиходная форма редкого канонического имени Ипатий. В православных святцах почитается священномученик Ипатий Гангрский, епископ IV века, однако имя в народе почти не прижилось — отсюда и редкость фамилии.

В основе лежит усечение полного имени до первого слога и добавление уменьшительного суффикса -аш: Ипатий → Ипаш. Подобная модель типична для диалектов русского Севера: ср. Онаний → Онаш (от Онисим), Силуан → Силаш. Таким образом, Ипашев буквально означает «внук (или сын) Ипаша».

Любопытно, что фамилия Ипашев почти не встречается в центральных губерниях России. Основной ареал — Вологодская и Архангельская области, а также отдельные районы Кировской области. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, государственными крестьянами или черносошными (свободными) крестьянами Русского Севера, где фамилии начали закрепляться раньше, чем в крепостных губерниях — уже в XVII веке.

Встречается также вариант написания Ипашов, но он менее характерен: в северных говорах под ударением после шипящих и твердых согласных чаще писали -ев, а не -ов, если основа оканчивалась на шипящий или ц. Впрочем, в документах XIX века оба варианта могли сосуществовать у одной семьи, так как строгой орфографии для фамилий тогда не было.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским мужским именем Ипаш (встречается у татар и башкир), которое восходит к арабскому «ибад» — «раб, слуга». Но тогда фамилия должна была бы иметь суффикс -ин (Ипашин) или сохранять ударение на последнем слоге. Поскольку Ипашев — типично русский патроним с суффиксом -ев, первая версия с Ипатием убедительнее.