Фамилия Ишин образована от старинной уменьшительной формы имени Иван — Иша. Имя Иван, в свою очередь, восходит к каноническому Иоанн, что в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». На протяжении нескольких столетий, с XVI по XIX век, имя Иван оставалось самым частым у русских: среди крестьянства оно охватывало от 15 до 25% всех мужчин. Такая популярность породила множество производных форм: Иша, Ишуня, Ишута. Фамилия Ишин закрепилась за потомком человека по прозвищу Иша.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Ишин, то есть сын или потомок Иши). Это типичный патроним, характерный для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей. В отличие, например, от фамилии Иванов, которая образована от полной формы имени, Ишин сохранила редкий вариант прозвища. По этой причине фамилия встречается не так часто, как её «старший брат», и имеет более узкую географию бытования. Основные очаги распространения — центральные и южные регионы России, где были сильны традиции обиходных, «домашних» имён.