Фамилия Ишинов, скорее всего, берет начало от имени Ишин, которое является вариантом имени Ишим. Оно образовано путем присоединения к древнетюркской основе «иш» со значением «ребенок», «семья» притяжательного аффикса первого лица -им. Не исключено, что фамилия Ишинов происходит от имени Иша, которое представляет собой производную форму имени Иоанн. Оно в переводе с древнееврейского языка означает «Божия благодать, Божья милость». Возможно также, что фамилия Ишинов образована от аналогичного прозвища, восходящего к топонимам Ишин, Ишины. Так называются населенные пункты в Бурятии. Можно предположить, что прозвище Ишинов получил выходец из Ишина, Ишин. Таким образом, человек, предка которого звали Ишин, со временем получил фамилию Ишинов. Так, в документах Томской области упоминается Алексей Арбушанович Ишинов, родившийся в 1919 году и проживавший в Ростовской области. В Книге памяти ссылки калмыцкого народа содержится информация об Паге Ишинове, родившемся в 1908 году в Зимовниковском округе области Войска Донского.