Фамилия Ишинкина — женская форма фамилии Ишинкин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — «Ишинк-», что сразу указывает на двойной суффикс: сначала уменьшительно-ласкательный «-инк-», а затем притяжательный «-ин». Такая модель встречается реже, чем простой «-ин», и обычно говорит о том, что прозвище или имя предка уже имело уменьшительную форму.

Скорее всего, в основе лежит имя Иша или Ишко — краткая форма от канонического имени Иоанн (Иван) или, реже, от Исаак. В русских говорах «иша» могло означать и просто «маленький, младший» — ласковое обращение к ребёнку. Таким образом, Ишинка — это «маленький Иша», а Ишинкин — «чей?» — сын того самого Ишинки. Фамилия образована по той же логике, что и, например, Ванькин или Петькин, но с дополнительным суффиксом, который подчёркивает вторую степень уменьшительности.

Географически фамилия Ишинкина редкая и тяготеет к центральным и южным регионам России, встречается в документах по Курской, Воронежской и Тамбовской областям. В некоторых говорах «иша» также означало «осёл» или «упрямец» — если предок получил такое прозвище за характер, фамилия могла образоваться напрямую от него, минуя имя. Но эта версия менее вероятна: прозвища с таким корнем обычно давали не в уменьшительной форме, а сразу как Ишак, Иша.

Ударение в фамилии плавающее: в быту чаще говорят Иши́нкина, но в официальных записях встречается и Ишинкина́. Разница не меняет смысла — корень один.