Фамилия Ишина образована от старинной уменьшительной формы крестильного имени Иоанн — Иша. Имя Иоанн пришло на Русь вместе с христианством и в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». В народной речи оно дало множество производных форм: Иша, Ишуня, Ишута. От одной из них — Иша — и пошла фамилия.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Ишина буквально означает «дочь (или жена) Иши». В крестьянской и мещанской среде такие фамилии часто закреплялись за людьми из простого сословия, без привязки к знатному роду. Поэтому основатель рода Ишиных, скорее всего, был рядовым человеком, которого в быту звали по имени-прозвищу Иша.

Стоит отметить, что фамилия Ишина встречается реже, чем её «мужской» вариант Ишин. Это объясняется тем, что в документах фамилия чаще фиксировалась по мужской линии, а женская форма закреплялась за вдовами или дочерьми в метрических книгах. Географически фамилия распространена в центральных и южных регионах России, но не имеет ярко выраженной локальной привязки.

В отличие от фамилий, образованных от прозвищ по ремеслу или внешности, Ишина — чисто патронимическая: она прямо указывает на имя предка. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Ишутин, Ишунин, Ишков), то Ишина — одна из самых кратких форм, что говорит о её древности: чем короче основа, тем раньше такое имя вошло в обиход.