Фамилия Ишмакова — женская форма, образованная от мужской Ишмаков. В основе лежит личное прозвище или имя Ишмак, которое чаще всего связывают с тюркскими корнями. Наиболее убедительная версия выводит Ишмак из диалектного сокращения татарско-арабского имени Ишмухаммет. Значение этого имени — «ровня пророку Мухаммеду» или «друг пророка Мухаммеда», что указывает на глубокое религиозное почитание в мусульманской среде. Такая модель усечения сложных имён (Ишмухаммет → Ишмак) типична для тюркской антропонимии.

Существуют и другие, менее распространённые гипотезы. Одна из них связывает прозвище Ишмак с азербайджанским глаголом ismak («желать»). В таком случае Ишмаком могли назвать долгожданного, желанного сына. Другая версия отталкивается от глагола isitmak («греть»), и тогда прозвище могло характеризовать отзывчивого, душевного человека. Слабость этих гипотез в том, что они не опираются на устойчивую ономастическую традицию, в то время как связь с именем Ишмухаммет встречается в словарях тюркских фамилий гораздо чаще.

Словообразовательная модель проста: к основе Ишмак добавился русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Ишмаков). Фамилия закрепилась в среде, где русская модель фамилии накладывалась на тюркское имя, что характерно для татарских, башкирских и других народов Поволжья и Приуралья после вхождения в состав Российского государства. Географически носители фамилии встречаются не только в этих регионах, но и рассеяны по стране: например, известный украинский футболист Вадим Олегович Ишмаков (родился в 1979 году в Запорожье), игравший за клуб «Крымтеплица», — потомок семьи, корни которой, вероятно, уходят на восток.