Фамилия Ишматова — женская форма фамилии Ишматов. Её основа — диалектный вариант мужского тюркского имени Ишмухаммет, которое звучало как Ишмат. Само имя Ишмухаммет сложное: первая часть «иш» в тюркских языках может означать «друг», «товарищ» или «ровня», а вторая — имя пророка Мухаммеда. Таким образом, исходное имя переводится как «ровня пророку Мухаммету» или «друг пророка Мухаммета». Имя давали с пожеланием, чтобы ребёнок был достоин высокого образца.

Фамилию образовали по русской модели: к основе Ишмат добавили суффикс -ов, что типично для фамилий, возникших в среде крещёных татар и других тюркских народов, вошедших в состав Российского государства. Суффикс указывал на принадлежность: Ишматов — сын Ишмата. Окончание -а обозначает женщину, носящую эту фамилию по мужу или отцу.

Процесс формирования таких фамилий был длительным и шёл в основном в XIX веке, после отмены крепостного права, когда у нерусских народов Поволжья и Приуралья массово закреплялись наследственные именования. Поэтому точно определить, когда и где именно возник род Ишматовых, можно только по генеалогическим документам — метрическим книгам, ревизским сказкам или переписям. Географически фамилия чаще всего встречается у татар и башкир, а также в среде казанских татар, где имя Ишмухаммет было распространённым.