Фамилия Иштулин — редкий пример тюркской модели, где имя-характеристика превратилась в наследное родовое прозвание. Её основа — составное личное имя Иштулы, которое до сих пор встречается у башкир и татар. Первый компонент «иш» в древнетюркском означал «друг, приятель, сподвижник» — это частый элемент в составных именах, например, Ишбулат, Ишмурат. Второй компонент «тул» восходит к тюркскому прилагательному «тули» — «полный». Фамилия Иштулин в буквальном смысле означает «настоящий друг» или «полный друг», то есть верный, надёжный товарищ, друг до конца.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который присоединяется к основам на -а, -я. В данном случае он закрепился за тюркским именем Иштула, и в результате получилась форма «Иштулин» — «сын Иштулы». Такой способ адаптации характерен для многих тюркских фамилий Поволжья и Приуралья.

Если судить по географии, фамилия Иштулин встречается в основном в Башкортостане и соседних регионах — Оренбургской, Челябинской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были башкирами или татарами, принявшими фамилию после ревизий XVIII–XIX веков, когда крестьянам и инородцам массово давали фамилии по имени отца. Сословно это могли быть тептяри, башкиры-вотчинники или государственные крестьяне.

Встречаются варианты написания Иштуллин (с удвоенной «л») — это более точная передача тюркского произношения, где конечный согласный имени Иштулла удваивается. Однако в русской документации чаще закрепился упрощённый вариант с одной «л», как и в случае с фамилиями Ишбулатов или Ишмуратов.