Фамилия Искужаев — один из тех случаев, когда при первом взгляде на корень хочется искать тюркские или кавказские параллели, и это не ошибка. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому личному имени Искужа (или Эскужа). В тюркских языках компонент «кужа» (кожа, ходжа) означает «господин», «наставник», «хозяин», а «ис-/эс-» может быть как начальным слогом имени, так и вариантом слова «эш» — «друг», «товарищ». Таким образом, имя Искужа могло означать «господин-друг» или «почтенный спутник», что типично для составных имен у народов Поволжья и Урала.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев. Это типичный способ русификации нерусских фамилий: к основе, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный, добавляли -ев, а не -ов. Поэтому Искужаев, а не Искужаов. Такая модель массово закреплялась за крещёными татарами, башкирами и другими народами, входившими в состав Российской империи, когда им давали фамилии по имени отца.

Географически фамилия привязана к Оренбуржью, Башкортостану и соседним регионам. Это не случайно: именно в этих местах исторически жили тептяри и башкиры, у которых имя Искужа встречалось в документах XIX века. В метрических книгах и ревизских сказках эту фамилию могли записывать по-разному — Искужаев, Эскужаев, Искожаев, но корень оставался узнаваемым.

Интересная деталь: фамилия не получила широкого распространения за пределами своего региона. Она осталась локальной, что говорит о том, что родоначальник не был кочевником или переселенцем в дальние губернии. Предки Искужаевых, вероятно, были земледельцами или скотоводами, а само имя Искужа могло принадлежать уважаемому в общине человеку — не обязательно духовному лицу, но старшине или зажиточному хозяину.

В отличие от многих фамилий на -ев, которые часто происходят от славянских прозвищ, Искужаев сохраняет прямую связь с дохристианским тюркским именем. Никакой дополнительной «народной этимологии» вроде «искусный» или «кузнец» здесь нет — это чистый отантропоним, где суффикс лишь оформляет фамилию, а смысл заложен в самом имени.