Фамилия Искужин восходит к мужскому тюркскому имени Искузя (также известному в форме Ишкузя). В основе этого имени лежат два компонента: «ис» (или «иш») — «мальчик, парень» и «кузя» — производное от «күзә» или «хузя», что в тюркских языках означает «хозяин», «глава», «владелец». Таким образом, имя Искузя буквально переводится как «мальчик, который станет хозяином» или «будущий глава семьи». Нарекая ребенка таким именем, родители закладывали в него пожелание вырасти достойным, самостоятельным мужчиной, способным вести хозяйство и принимать решения.

Модель образования фамилии проста и типична для русской ономастики, адаптировавшей тюркские имена: к основе Искуз- был добавлен типичный русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Искужин, то есть «сын Искузи»). Фонетический переход «з» в «ж» (Искузя → Искуж-ин) — естественное явление при адаптации тюркских имен в русской языковой среде, обусловленное ассимиляцией и удобством произношения.

Фамилия Искужин имеет отчетливую региональную привязку. Она распространена преимущественно среди башкир и татар, особенно в южных и западных районах Башкортостана, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были выходцами из башкирских или татарских родов, принявших русскую фамильную модель в XIX — начале XX века, когда массово фиксировались фамилии у нерусского населения Российской империи.

В отличие от многих фамилий, образованных от профессиональных прозвищ или географических названий, Искужин — яркий пример антропонимической традиции, где в основе лежит личное имя-пожелание. Социальный статус предков мог быть разным: от рядовых общинников до зажиточных крестьян или даже представителей башкирской старшины, поскольку имя «хозяин» или «глава» не было исключительно простонародным. Спорных версий происхождения у этой фамилии нет — тюркская основа и русский суффикс складываются в однозначную и хорошо документированную картину.