Фамилия Искужин — один из тех родовых имен, которые ведут свою историю из тюркской среды, в разное время входившей в состав Российского государства. Корни фамилии уходят в XV–XVII века, в период, когда выходцы из Золотой Орды, а также потомки печенегов и половцев оседали на русских землях, поступали на службу и со временем вливались в состав дворянства. Именно этот исторический контекст позволяет объяснить, как тюркское имя стало основой для русской по форме фамилии.

Образована фамилия от мужского имени Искузя (встречается также вариант Ишкузя). В переводе с тюркского это имя означает «мальчик, который станет главой семьи». Смысл прозрачен: родители, давая такое имя сыну, желали ему вырасти достойным мужчиной, способным взять на себя ответственность за род. Со временем от этого имени через стандартный для русской ономастики суффикс -ин и появилась фамилия Искужин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «сын Искузи».

Интересно, что фамилия сохранила в своей основе именно тюркский корень, а не славянский или греческий, что для русского дворянства XVII века было не редкостью. Многие знатные роды вели свое начало от ордынских мурз и князей, и фамилия Искужин — часть этой традиции. Хотя точных сведений о сословной принадлежности всех носителей фамилии нет, сама модель образования (имя + -ин) характерна для фамилий, которые фиксировались у служилых людей и землевладельцев.

В написании фамилии обращает на себя внимание сочетание «жн» — оно указывает на то, что исходное имя оканчивалось на мягкий согласный или «и», что и дало при присоединении суффикса чередование «з/ж» (Искузя — Искужин). Встречающиеся в документах варианты Ишкужин и Искузин — это следы разного произношения и записи одного и того же имени в приказных книгах.