Фамилия Истифеев — редкий случай, когда основа имени спрятана за необычным для русского уха звучанием. В её основе лежит каноническое мужское имя Евстафий. В народной речи это имя, особенно в южнорусских и украинских говорах, претерпело сильное сокращение и искажение: ударный слог сместился, начальное «Ев» отпало, а «ст» перешло в более мягкое «ст». Так родилась форма Истифей, которая и стала прямым источником фамилии. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Истифеев буквально значит «сын Истифея».

Само имя Евстафий (греч. Eustáthios — «стойкий», «устойчивый», «твердо стоящий») было широко распространено в среде духовенства и среди крестьян, особенно в тех областях, где ценили звучные «церковные» имена. Однако именно в просторечии оно дало множество производных форм: Остап, Астафий, Стахей, Евстигней. Истифей — одна из самых редких и локальных ветвей этого ономастического дерева.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По данным современных исследований, основные очаги Истифеевых — центральные и южные регионы России, в частности, Тамбовская, Воронежская и Липецкая области. В этих местах в XVII–XIX веках активно селили однодворцев и государственных крестьян, которые нередко сохраняли архаичные и диалектные формы имен в качестве фамильных прозвищ. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или мелким служилым человеком, чье имя в документах записали не по церковному Евстафий, а по обиходному Истифей.

Примечательно, что в написании фамилии иногда встречается вариант Истифеев с одной буквой «ф» — это следствие устной передачи: в говорах удвоение «фф» (из греческого «th») не фиксировалось. Но в паспортной норме закрепилось именно Истифеев, с двумя «ф», что выдает книжное происхождение записи — писарь, вероятно, знал греческий корень или следовал церковной традиции, хотя и в усеченном виде.