Фамилия Истомалипеев — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не одно слово, а целая фраза, перешедшая в прозвище, а затем в фамилию. Это составное образование, которое легче всего понять, разбив на части: «Истома» и «липей». Первая часть происходит от древнерусского нецерковного имени Истома. В старину так называли ребенка, который родился слабым, «истомным», то есть измученным, или же беспокойным, доставляющим хлопоты. Имя было распространенным: в документах XV–XVII веков встречаются боярские дети, крестьяне и посадские люди с этим именем. Вторая часть — «липей» — более загадочна. Скорее всего, это искаженная или диалектная форма слова «липей» в значении «липкий, прилипчивый». В таком случае прозвище Истома Липей мог получить человек с «липким» характером — навязчивый, или, наоборот, тот, кто «прилип» к какому-то месту или делу, например, остался жить на одном месте, не уходя в другие земли.

Менее вероятная, но возможная версия связывает «липей» с растением липой (например, «липей» — липовый лес или человек, живущий у лип). Но тогда логичнее было бы ожидать фамилию Истомин или Истомов, а сложная конструкция «Истома-липей» указывает именно на составное прозвище, где вторая часть уточняет первую. Такие модели характерны для северорусских и сибирских говоров, где прозвища нередко склеивались из двух слов.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Истомалипеев, то есть сын или потомок Истомы Липея. Фамилия крайне редкая, географически может быть привязана к территориям бывшего Русского Севера или Урала, куда уходили переселенцы с составными прозвищами. В официальных реестрах она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании и возможном исчезновении в советское время из-за смены фамилий или угасания рода.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Истомин, Истомов показывает, что Истомалипеев — это не простая патронимическая фамилия, а прозвищная, с живой внутренней формой. Предок носителя, судя по всему, был заметен в своей общине необычным прозвищем, которое закрепилось за потомками без сокращения — что редкость для русской ономастики, обычно склонной к усечению длинных конструкций.