Фамилия Истомов — один из примеров того, как русская фамилия может быть образована не от имени, а от внутреннего качества или состояния человека. В основе лежит древнерусское нецерковное имя Истома, которое в XV–XVII веках было вполне обычным и встречается в документах той поры. Значение этого имени прозрачно: «истома» означала усталость, изнеможение, томление. Соответственно, Истомой могли назвать ребенка, рожденного слабым, болезненным, или же дать такое имя взрослому человеку в качестве прозвища — за медлительность, вялость или склонность к хандре.

Словообразовательная модель проста: к основе Истом- добавился типичный русский патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность («чей сын?» — Истомов). Это самая распространенная модель для фамилий, возникших в центральной России. Интересно, что фамилия Истомин — однокоренная и образована по той же логике, но с суффиксом -ин, что тоже допустимо для основ на -а: Истома → Истомин. Обе фамилии фиксируются в исторических источниках, но Истомов встречается реже.

В словаре древнерусских личных имен академика С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминается несколько Истом: Истома Иванович Квашнин (конец XV века), Истома Борисов сын Пушкин (середина XVI века) — люди из служилых и боярских родов. Это разбивает стереотип, что «слабое» имя давали только простолюдинам. Среди дворянских фамилий Истомовы не числятся в столбовых, но отдельные представители могли принадлежать к мелкопоместному дворянству или, чаще, к крестьянскому и купеческому сословию. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и центральным областям России, особенно к бывшим Рязанской и Тамбовской губерниям.

Стоит упомянуть и менее очевидную, но возможную версию: в некоторых говорах «истома» означала не только усталость, но и «духота, жара, зной». Прозвище Истома мог получить человек, который работал в жарком месте — например, у печи в кузнице или на кирпичном заводе. Однако эта гипотеза уступает основной по частоте употребления слова в летописях.