Фамилия Иструнин — редкая и неочевидная с точки зрения корня. На первый взгляд она кажется образованной от географического названия или от имени, но при ближайшем рассмотрении выясняется, что её основа — прозвище, связанное с диалектной лексикой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Иструнин — «сын Иструны» или «человек из рода Иструны». Само слово «Иструна» в русских говорах означает «проворный, расторопный человек» или, по другим данным, «тот, кто быстро и ловко делает дело». В некоторых областях так называли непоседливого, юркого человека. Таким образом, фамилия произошла от прозвища, данного за характер или манеру поведения.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с гидронимом — названием реки Иструна (малая река в бассейне Оки), но в этом случае фамилия должна была бы звучать как Иструнский или Иструнцев. Форма на -ин характерна для прозвищ и имён, а не для названий рек, поэтому версия с диалектным прозвищем выглядит предпочтительнее.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Тамбовской губерниях, где диалектное слово «иструна» было в ходу. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище за свою сноровку и быстроту в работе.

В дореволюционных источниках фамилия фиксируется с XVIII века, но в большом количестве не встречается, что подтверждает её локальное происхождение. Однокоренных фамилий, таких как Иструнов или Истрункин, практически нет — это делает Иструнина уникальным вариантом, сохранившим забытое сегодня диалектное слово.