Фамилия Иваниенко относится к распространенному типу украино-белорусских фамилий и образована от крестильного имени Иван. Поэтому от него было образовано множество уменьшительных форм, одна из которых - Иваний - и легла в основу фамилии. Однако, скорее всего, имя Иван исторически восходит к каноническому мужскому личному имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Поэтому Иваниенко буквально понималось как «сын Ивания».