Фамилия Иванишкина образована от имени Иванишка — одной из многочисленных уменьшительных или обиходных форм канонического имени Иван. Само имя Иван восходит к древнееврейскому Иоанн, что значит «милость Божья», и на Руси было настолько распространено, что от него возникли десятки производных форм. Иванишка — одна из них, характерная для народной, разговорной традиции именования.

По модели образования фамилия относится к типично русскому типу на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Иванишкина буквально означает «дочь (или жена) Иванишки», а в более широком смысле — потомок человека по имени Иванишка. Такие фамилии обычно закреплялись за людьми из простого сословия, где редко использовали полные церковные имена в быту.

Интересно, что фамилия сохранила суффикс -ишк-, который в древнерусском языке мог нести не только уменьшительное, но и пренебрежительное значение. Однако в крестьянской и посадской среде он часто выступал просто как ласкательный или обиходный — без негативного оттенка. Таким образом, основатель рода Иванишкиных, скорее всего, был человеком незнатного происхождения, которого в округе знали под именем Иванишка.

С течением времени фамилия закрепилась за потомками, и сейчас форма Иванишкина встречается в основном в женском роде, хотя мужской вариант — Иванишкин — также существует. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где были сильны традиции образования фамилий через суффикс -ин.