Фамилия Иванишкины — один из ярких примеров того, как в русской традиции от полного церковного имени образовывали множество уменьшительных форм, которые затем закреплялись в качестве фамилий. В основе лежит имя собственное, а точнее — его ласкательный вариант Иванишка. Это производное от имени Иван, которое, в свою очередь, восходит к каноническому Иоанн. В переводе с древнееврейского это имя означает «милость Божья».

Суффикс -ишк- в имени Иванишка имеет уменьшительно-ласкательное, а порой и пренебрежительное значение. В русском языке такие формы (Ванишка, Петришка, Дениска) были особенно распространены в бытовой, неофициальной среде. В отличие от фамилий на -ов/-ев или -ин, которые часто образовывались от отчества, фамилия Иванишкин показывает, что предка звали именно по домашнему, «уличному» имени, а не по полному церковному. Это говорит о том, что семья происходила из среды, где фамилии закреплялись через прозвища или просторечные формы крестильных имен.

Форма фамилии — Иванишкины (во множественном числе) — указывает на принадлежность целому роду, а не отдельному человеку. В документах XIX века такие фамилии нередко записывали в единственном числе (Иванишкин), но в народе и в более поздних записях закрепилась именно коллективная форма на -ы, типичная для северных и центральных губерний России.

Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий. Однако можно предположить, что корни Иванишкиных уходят в XVI–XVII века, когда на Руси активно шёл переход от прозвищ к наследственным фамилиям. В отличие от фамилий, образованных от канонических форм (Иванов, Иваньков), вариант с суффиксом -ишкин встречается реже, что делает его ценным памятником живой народной речи и славянской ономастики.