Фамилия Иванишкин образована от уменьшительной формы популярного на Руси имени Иван. Имя Иван, в свою очередь, восходит к каноническому церковному имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». От полного имени Иван в народе возникло множество ласкательных и уменьшительных вариантов: Иванец, Иванко, Ивашка, Иванша. Одна из таких форм — Иванишка — и легла в основу фамилии.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Иванишкин — «сын или потомок Иванишки». Фамилия закрепилась в среде, где было принято именовать человека по отцу или деду в уменьшительно-ласкательной форме, что часто встречалось в крестьянском и мещанском быту XVI–XVII веков.

Особенность фамилии Иванишкин — редкий суффикс -ишк- в основе. В русской ономастике формы на -ишка (Иванишка, Фомишка, Петришка) несли оттенок пренебрежительности или, наоборот, шутливой фамильярности. Однако в фамилиях этот оттенок со временем стерся, и сейчас Иванишкин — обычная патронимическая фамилия, указывающая на родство с человеком по имени Иванишка. Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, но не относится к числу широко распространенных.