Фамилия Иванишины — одна из тех, что образована от уменьшительной формы крестильного имени Иван. В основе лежит форма Иваниша, а сама фамилия отвечает на вопрос «чей?»: сын Иваниши, то есть потомок человека, которого в быту звали не полным именем, а ласково или сокращённо — Иванишей. Такая модель с суффиксом -ин типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я.

Само имя Иван восходит к каноническому Иоанн, которое пришло на Русь вместе с христианством. В переводе с древнееврейского оно означает «милость Божья» или «Яхве смилостивился». Это имя было настолько распространено, что от него возникли сотни производных форм — официальных и обиходных. Иваниша — одна из таких обиходных форм, характерная для северных и центральных говоров. Встречается она и в старых документах: например, в новгородских писцовых книгах XV–XVI веков упоминаются крестьяне с прозвищем Иваниша, от которого позднее и закрепилась фамилия.

О точном месте и времени возникновения фамилии Иванишины говорить сложно: процесс формирования фамилий у разных сословий шёл неравномерно. У крестьян и посадских людей фамилии на -ин закрепились в основном к XVII–XVIII векам, хотя отдельные случаи фиксируются и раньше. Скорее всего, Иванишины — потомки людей, которые жили на территории современных Тверской, Новгородской или Псковской областей, где форма Иваниша была особенно употребительна.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия Иванишин стоит в одном ряду с такими же «патронимическими» фамилиями, как Гавришин, Данишин, Мишинин, где основа — краткая форма имени, а суффикс -ин указывает на прямую принадлежность. От обычной фамилии Иванов её отличает именно уменьшительная основа: Иванов — сын Ивана, а Иванишин — сын Иваниши, что говорит о более личном, внутрисемейном прозвище.

Встречаются и варианты написания — Иванишины, с ударением на второй или третий слог, что зависит от местной произносительной традиции. В современной России фамилия не относится к числу массовых, но сохранилась в нескольких регионах, что делает её ценным свидетельством живой народной традиции имянаречения.