Фамилия Иванишко образована от уменьшительной формы одного из самых распространённых на Руси имён — Иван. Исторически имя Иван восходит к каноническому мужскому личному имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». От этого имени возникло множество уменьшительных и обиходных форм, одна из которых — Иваниш — и легла в основу фамилии.

Словообразовательная модель здесь необычна. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев или -ин, фамилия Иванишко использует суффикс -ко, который характерен для украинской и белорусской ономастики. В этих землях суффикс -ко часто выполнял роль уменьшительно-ласкательного или указывал на принадлежность: Иванишко буквально понималось как «сын Иваниша» или «маленький Иваниш». Такая модель образования фамилий широко бытовала на территории современной Украины и юго-западных областей России, поэтому географические корни фамилии Иванишко, скорее всего, лежат именно там.

Основа фамилии — Иваниш — сама по себе является уменьшительной формой от Иван, что добавляет фамилии оттенок семейной или бытовой близости. В ономастических трудах, например в работах Б. Унбегауна, подобные фамилии на -ко рассматриваются как типичный пример восточнославянской модели, где прозвище или личное имя отца превращалось в фамилию потомков через характерный суффикс. Таким образом, носитель фамилии Иванишко — это потомок человека, которого в быту звали ласково или сокращённо Иванишем.

Интересная деталь: в русских говорах и письменных источниках форма «Иваниш» встречается реже, чем, скажем, «Ивашка» или «Иванко», что делает фамилию Иванишко относительно редкой и локально привязанной. Если ваши предки носили эту фамилию, они, вероятно, происходили из среды, где украинские или белорусские словообразовательные традиции смешивались с русскими, — например, из пограничных регионов или из казачьих земель.