Фамилия Иванишенко звучит на украинский лад, и это первая подсказка: её происхождение напрямую связано с украинской традицией образования фамилий от крестильных имён. В основе лежит каноническое имя Иван, одно из самых распространённых в славянском мире. Но разбираем не столько имя, сколько суффикс.

Суффикс -енко — это классический патронимический (указывающий на отца) формант украинских фамилий. Он означает «маленький» или «сын»: Иванишенко буквально — «сын Иваниша». А вот с промежуточным звеном «Иваниш» чуть сложнее. Это не полное имя Иван, а его уменьшительная или пренебрежительная форма, распространённая на юго-западных землях. Иваниш — это как «Ваня» или «Ивашка», только в местной огласовке с твёрдым шипящим. То есть фамилия фиксирует прозвище отца: не Иван, а Иваниш.

Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине, особенно к Полтавщине, Черниговщине и Слобожанщине. Именно там в XVII–XVIII веках суффикс -енко стал массовым способом записи крестьян и казаков. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто закреплялись за помещичьими крестьянами, фамилии на -енко в массе своей фиксировали свободное или казачье население. Поэтому предок Иванишенко, скорее всего, был не крепостным, а либо казаком, либо государственным крестьянином.

Интересная деталь: форма с двумя «н» — Иванишенко — встречается реже, чем однокоренные Иванищенко или Иванишин. Двойное «н» могло возникнуть под влиянием польской орфографии (в фамилиях на -енко иногда писали -енн- для передачи мягкости) или как результат случайного удвоения при записи в метрических книгах. В любом случае, это не меняет сути: перед нами типичный украинский патроним, который буквально отвечает на вопрос «чей ты?» — «Иванишев».