Фамилия Иванишена — редкий случай, когда женская форма фамилии закрепилась в роли паспортной, хотя по происхождению она абсолютно прозрачна. Это притяжательное прилагательное, образованное от мужского прозвища или имени Иваниша с помощью суффикса -ин, который в русской модели означает «чей?» — то есть «дочь или жена Иваниши». В современном употреблении фамилия склоняется как типичная женская (-а на конце), но исторически её носительницами могли быть и женщины, и мужчины: в документах XVIII–XIX веков у крестьян и мещан нередко записывали женскую форму как наследственную, особенно если семья была известна по материнской линии или вдове.

Основа Иваниша — это просторечная, уменьшительно-ласкательная или уничижительная форма канонического имени Иван. Суффикс -иш- в русских именах имел двойную окраску: он мог выражать ласку (Ваня → Ваниша, как Петя → Петиша) или, наоборот, пренебрежение, если говорили о человеке с оттенком снисходительности. В ономастике такое прозвище нередко давали младшему сыну, подчёркивая его положение в семье, — Иваниша буквально значило «маленький Иван» или «Иванушка». В отличие от стандартной патронимической фамилии Иванов (сын Ивана), Иванишена указывает на более конкретное, бытовое прозвище, которое могло закрепиться за целым родом.

По географии фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, а также встречается среди переселенцев в Сибири. В реестрах казачьих войск и переписях Курской, Воронежской губерний форма Иванишен (мужская) фиксируется с XVII века, а женская Иванишена — как устойчивая фамилия вдов и дочерей, унаследовавших хозяйство. Это объясняет, почему в современных справочниках фамилия числится почти исключительно как женская: в советский паспортный стол попала именно та ветвь, где носительницами были женщины, или же при унификации фамилий в 1930-е годы форму оставили без изменений.

Интересная деталь: суффикс -иш- в этой фамилии не стоит путать с польским или белорусским -иш (как в фамилиях Иванишев, Иванишко), где он часто указывает на литовское или западнорусское влияние. В случае Иванишены перед нами чисто восточнославянская модель, близкая к фамилиям типа Сысоев (от Сысой) или Фомичёв (от Фомич), но с архаичным окончанием на -а. Если бы фамилия писалась через «е» — Иванишене, — это указывало бы на литовский ареал, но в русской традиции окончание -ена (а не -ева) встречается редко, что делает Иванишену скорее исключением, чем правилом.