Фамилия Иванюшины — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неожиданный словообразовательный ход. Вопреки первому впечатлению, её основа — не полное имя Иван, а уменьшительная форма Ванюша. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Иванюшины — буквально «чьи?» — потомки Ванюши. Это типичная «патронимическая» модель, но с редким суффиксом -юш- вместо более частых -к- (Ванька → Ванькин) или -ш- (Ваня → Ванин).

Фамилия восходит к каноническому имени Иоанн (с древнееврейского — «милость Божья»). Имя Иван на протяжении нескольких столетий, с XVI по XIX век, оставалось самым частым у русских: среди крестьянства оно охватывало от 15 до 25% всех мужчин. Такая массовость привела к тому, что фамилии на «Иван-» стали самыми распространёнными в России, но форма Иванюшины встречается заметно реже, чем Ивановы или Иванниковы. И дело не только в редкости уменьшительного варианта Ванюша, но и в географии: фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям, где суффикс -юш- в именах (Петюша, Ванюша) был особенно жив в бытовой речи.

Точно сказать, когда и где впервые появилась фамилия Иванюшин, сложно — письменные источники фиксируют её не ранее XVII века, и то в единичных записях. В переписных книгах и писцовых документах чаще встречались Ивановы, а Иванюшины могли долго оставаться без фамилии вовсе, обозначаясь по отцу: «Иванюшин сын». Это значит, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми — дворянские роды с такой фамилией почти не известны.

Есть и альтернативная версия, но слабая: некоторые связывают Иванюшиных с прозвищем от диалектного «иванюха» — так в некоторых говорах называли простоватого или нерасторопного человека. Однако большинство ономастов (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») сходятся на том, что основа здесь — именно имя, а не прозвище: суффикс -юш- слишком характерен для ласкательных форм, чтобы быть случайным. Так что, скорее всего, первый Иванюша был просто любимым младшим в семье, чьё имя закрепилось за потомками.