Фамилия Кабдешев образована от имени Кабдеш, которое чаще всего считают вариантом имени Габдеш. А Габдеш — это одна из кратких, обиходных форм имени Габдулла, что в переводе с арабского означает «раб Аллаха», «слуга Всевышнего». Такие сокращённые имена (Габдеш, Кабдеш, Абдуш) были распространены в тюрко-татарской среде, где длинные арабские имена часто усекали для повседневного употребления. Поэтому первая и самая вероятная версия: фамилия Кабдешев — потомок человека по имени Кабдеш, то есть «сын Кабдеша».

Менее популярная, но любопытная гипотеза связывает имя Кабдеш с персидским словом «кабд» — «скованность». В персидском суфизме это мистическое понятие обозначает состояние души, когда человек особенно остро чувствует свою зависимость от Бога и собственное ничтожество. В такой «духовной тесноте», как считали суфии, Божья милость проявляется сильнее, чем в покое и утешении. Эту идею развивал Ибн Аббад, проповедник и имам знаменитой медресе Каравийин в Фесе. Он сравнивал кабд с ночью, в которой зарождаются великие свершения. Если имя действительно ведёт начало от этого корня, то к основе «кабд» мог добавиться тюркский уменьшительно-ласкательный аффикс -ш, и тогда Кабдеш — это ласковое прозвище для человека, склонного к созерцательности или переживающего трудный период. Однако эта версия менее убедительна, так как прямое заимствование суфийского термина в бытовое именование — случай редкий.

Сама фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Кабдеш добавлен суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — Кабдешев). Такое оформление характерно для фамилий многих народов России, в том числе татар и башкир, чьи родовые имена адаптировались к русской грамматике. Встречаются фамилии и с другим суффиксом — Кабдешов, но вариант с -ев встречается чаще.