Фамилия Кабытаев происходит от казахского мужского имени Кабытай. В основе имени лежит слово «қабы» — «коробка», к которому добавили уменьшительно-ласкательный аффикс -тай. Сам аффикс восходит к слову «тай» — «жеребёнок», и в тюркских именах он часто придаёт оттенок ласки, младшинства или небольшого размера. Получается, что имя Кабытай буквально означает «коробочка». Скорее всего, это было не официальное, а внутрисемейное имя, которое давали младшему сыну — эта модель распространена у казахов, когда ребёнка называют по предмету обихода, подчёркивая его «маленькость» или нужду в защите.

Фамилия строится по стандартной для русской среды модели: к основе Кабытай добавляется русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного), который указывает на происхождение от отца. То есть Кабытаев — это «сын Кабытая». Такое оформление характерно для фамилий казахов и других народов, вошедших в состав Российской империи, когда при документальном учёте к тюркским именам прикрепляли русский фамильный формант.

В самой фамилии ударение, скорее всего, падает на последний слог — Кабыта́ев, хотя в разговорной речи возможны варианты. Географически фамилия встречается преимущественно в Казахстане и среди казахов, живущих в России, особенно в приграничных регионах вроде Астраханской и Оренбургской областей. В отличие от многих русских фамилий, у Кабытаева нет вариантов с суффиксами -ин или -ский: это редкий случай, когда тюркская основа осталась почти без изменений, и лишь окончание выдает её «русифицированное» происхождение.