Фамилия Качковецкий образована по распространённой у славян модели с суффиксом -ецк-/-цк- и окончанием -ий, которая типична для фамилий, указывающих на географическое происхождение. Такие именования широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Основа фамилии — «Качков» — скорее всего, связана с названием населённого пункта, например, Качковцы или Качково. Подобные топонимы встречаются на территории современной Украины, Беларуси и Польши, что позволяет предположить западнорусское или польское происхождение носителей фамилии.

Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого). В данном случае корень «Качк-» может восходить к прозвищу Качок. В диалектах юго-западной Руси «качок» — это селезень, утёнок, так что прозвище мог получить человек с характерной походкой или внешностью. Менее вероятна связь с глаголом «качать» или с профессией — например, того, кто качал мёд или пиво. В пользу первой версии говорит то, что фамилии от названий птиц у славян встречаются часто и давались без особой иронии, просто как бытовая примета.

Суффикс -ецк- в фамилии Качковецкий указывает на то, что предок носителя фамилии происходил из места, которое называлось Качковцы или Качковец. Такая модель образования фамилий особенно характерна для польской шляхты и украинской казацкой старшины, где прибавление -ский/-цкий означало принадлежность к родовому гнезду или поместью. Поэтому можно предположить, что первые носители фамилии были мелкими землевладельцами или служилыми людьми, записанными по месту жительства.

Встречается и вариант написания Качковский, но форма Качковецкий более редкая и точно фиксирует топонимическую основу. В исторических документах фамилия могла писаться через «а» — Качковецкий, хотя в украинской традиции возможен и вариант з «і» — Качковецький. Написание закрепилось в русском языке в том виде, в каком его записали при переписях или в метрических книгах.

Если опираться на словарь Б. Унбегауна по русским фамилиям, то модели на -ецкий чаще встречаются у поляков и украинцев, чем у великороссов. Это делает фамилию Качковецкий характерным примером пограничной ономастики, где смешались польская шляхетская традиция и восточнославянская народная основа.