Фамилия Каджимуратов — редкий случай, когда основа почти наверняка восходит к аварскому имени Хаджимурад, а написание с «к» вместо «х» — результат региональных фонетических особенностей или ошибок паспортистов. В русской передаче имя Хаджимурад (Хаджи + Мурад) означает «паломник, совершивший хадж» и «желанный» или «целеустремлённый». Фамилия образована по стандартной русской модели: к имени добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность роду («сын Хаджимурада»). Однако в аварском и других дагестанских языках отчества и фамилии часто оформляются суффиксом -илов, поэтому вариант Каджимуратов — это уже русифицированная форма, появившаяся в советских документах.

Географически фамилия почти целиком привязана к Дагестану, особенно к аварским районам — Хунзахскому, Гергебильскому, Гунибскому. Встречается она и у кумыков, но реже. Начальное «к» вместо «х» — типично для некоторых аварских диалектов, где звук «х» произносится твёрже, ближе к «к», или для письменной фиксации, когда чиновник записывал имя на слух. Встречаются варианты Хаджимурадов и Гаджемуратов (с «г»), но Каджимуратов — самый распространённый в паспортах.

Словообразовательно фамилия проста: суффикс -ов (патронимический, «чей?») и корень, восходящий к арабскому имени через тюркское посредничество. Имя Хаджимурад было популярно на Кавказе в XIX веке, в том числе из-за исторической фигуры Хаджи-Мурата — одного из лидеров сопротивления в Кавказской войне. Носители фамилии, скорее всего, потомки людей, носивших это имя, и в большинстве своём имеют аварское происхождение.

Другие версии, например связь с тюркским «каджы» (бедный, нищий) или грузинским корнем, маловероятны: они не объясняют суффикса -ов и не подтверждаются географией фамилии. Искать однокоренные фамилии стоит среди дагестанских: Хаджимурадов, Магомедов, Алиев — все они построены по одной модели. Фамилия Каджимуратов недвусмысленно говорит о том, что предок носил имя Хаджимурад и жил в регионе, где русская бюрократия оформила это имя в привычную для неё форму.